Głównym celem szkoły jest kształcenie nowych badaczy oraz prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych. Mieszcząca się w Warszawie Szkoła zintegruje działalność:
- Kolegium Astronomii i Nauk Przyrodniczych w Toruniu,
- Kolegium Nauk Medycznych w Olsztynie,
- Kolegium Nauk Ekonomicznych i Zarządzania w Warszawie,
- Kolegium Filozofii i Teologii w Krakowie,
- Kolegium Nauk Prawnych w Lublinie.
Szkoła formalnie będąc odrębnym podmiotem, zintegrowana będzie z Akademią Kopernikańską poprzez pełnienie przez Zgromadzenie Ogólne AK ustawowej funkcji Rady Uczelni. Dodatkowo Akademia Kopernikańska będzie wpływać na obsadę personalną organów Szkoły (w tym rektorów).
Zachowując zasadę autonomii uczelni publicznych, szczegółowe rozwiązania dotyczące realizacji zadań przez Szkołę i poszczególne Kolegia zostaną ustalone w samorządny sposób w statucie Szkoły.
