O objetivo principal da Escola é formar novos pesquisadores e realizar atividades de pesquisa e desenvolvimento. A Escola localizada em Varsóvia integrará as atividades de:

• Faculdade de Astronomia e Ciências Naturais de Toruń;
• Faculdade de Ciências Médicas em Olsztyn;
• Faculdade de Economia e Gestão de Varsóvia;
• Faculdade de Filosofia e Teologia de Cracóvia;
• Faculdade de Ciências Jurídicas de Lublin.

A Escola, sendo formalmente uma entidade separada, será integrada na Academia Copernicana, uma vez que a Assembleia Geral da Academia Copernicana desempenhará a função estatutária do Conselho da Escola. Além disso, a Academia Copernicana influenciará a contratação de pessoal dos órgãos da Escola (incluindo reitores).

Mantendo o princípio da autonomia das universidades públicas, as disposições específicas relativas à execução das tarefas por parte da Escola Central Copérnico e das faculdades individuais serão determinadas autonomamente no estatuto da Escola.