El propósito principal de la Escuela es el de formar a nuevos investigadores y ejecutar actividades de investigación y desarrollo. La Escuela ubicada en Varsovia integrará las actividades de:

• Facultad de Astronomía y de Ciencias Naturales de Toruń;
• Facultad de Ciencias Médicas en Olsztyn;
• Facultad de Economía y Gestión de Varsovia;
• Facultad de Filosofía y Teología de Cracovia;
• Facultad de Ciencias Jurídicas de Lublin.

La Escuela, siendo formalmente una entidad separada, se integrará en la Academia Copernicana, puesto que la Asamblea General de la Academia Copernicana desempeñará la función estatutaria del Consejo de la Escuela. Además, la Academia Copernicana influirá en la contratación de personal de los órganos de la Escuela (incluidos los rectores).

Manteniendo el principio de autonomía de las universidades públicas, las disposiciones concretas relativas a la implementación de tareas por parte de la Escuela Central Copérnico y las facultades individuales se determinarán de manera autónoma en el estatuto de la Escuela.