Ważną rolę w działalności Akademii Kopernikańskiej odgrywają izby tematyczne, których nazwy oraz merytoryczny zakres działania odpowiadają profilowi badań prowadzonych w przeszłości przez Mikołaja Kopernika – patrona AK:
Izba Astronomii i Nauk Matematyczno-Przyrodniczych
Izba Nauk Medycznych
Izba Nauk Ekonomicznych i Zarządzania
Izba Filozofii i Teologii
Izba Nauk Prawnych
Izba Laureatów Nagrody Kopernikańskiej
- Wacław Gudowski (Polska)
- Leszek Roszkowski (Polska)
- Marek Sarna (Polska)
- Marian Szymczak (Polska)
- Andrzej Udalski (Polska) - Przewodniczący
- George Efstathiou (Wielka Brytania)
- Masashi Hazumi (Japonia)
- Didier Queloz (Szwajcaria)
- Gianfranco De Zotti (Włochy)
- Adam Dziki (Polska)
- Grzegorz Gielerak (Polska)
- Ewa Marcinowska-Suchowierska (Polska)
- Leszek Markuszewski (Polska)
- Andrzej Rynkiewicz (Polska) - Przewodniczący
- Mariano Bizzarri (Włochy)
- Hans Joachim Meyer (Niemcy)
- Adam T. Stys (USA)
- Huey-Jen Su (Tajwan)
- Mansur Rahnama-Hezavah (Iran)
- Mariusz Andrzejewski (Polska)
- Sławomir Gawroński (Polska)
- Marta Kightley, (Polska)
- Zbigniew Krysiak (Polska)
- Leon Podkaminer (Polska)
- Adam Glapiński (Polska) - Przewodniczący
- Dariusz Tworzydło (Polska)
- Pablo De Cos (Hiszpania)
- Robert Holzmann (Austria)
- Harold James (USA)
- Thomas J. Jordan (Szwajcaria)
- Tory K. Baucum (USA)
- Nigel Biggar (Wielka Brytania)
- Bernardo Estrada (Kolumbia)
- Gerhard Müller (Niemcy) - Przewodniczący
- Paweł Bortkiewicz (Polska)
- Wawrzyniec Marek Rymkiewicz (Polska)
- Marcin Tkaczyk (Polska)
- Ireneusz Werbiński (Polska)
- Piotr Wilczek (Polska)
- Elżbieta Karska (Polska)
- Anna Łabno (Polska) - Przewodnicząca
- Conor Casey (Wielka Brytania)
- Fabrizio Giulimondi (Włochy)
- Marius Ostrowski (Wielka Brytania)
- Adrian Vermeule (USA)
- Manuele Vescovi (Włochy)
- Barry Barish (USA)
- James E. B. Peebles(USA)
