Ważną rolę w działalności Akademii Kopernikańskiej odgrywają izby tematyczne, których nazwy oraz merytoryczny zakres działania odpowiadają profilowi badań prowadzonych w przeszłości przez Mikołaja Kopernika – patrona AK:
Izba Astronomii i Nauk Matematyczno-Przyrodniczych
Izba Nauk Medycznych
Izba Nauk Ekonomicznych i Zarządzania
Izba Filozofii i Teologii
Izba Nauk Prawnych
Izba Laureatów Nagrody Kopernikańskiej
