Генеральная Ассамблея
Это высший авторитет Коперниканской академии. В его состав входят все члены Академии.
Она осуществляет свою деятельность на площадке очередных и внеочередных собраний, созываемым Генеральным секретарем.
Задачи Ассамблеи включают:
- Определение направлений работы Коперниканской академии.
- Осуществление надзора за всей своей деятельностью.
- Выдачу заключений по кандидатам в члены Академии, выдвинутым отдельными Палатами, вместе с представлением их кандидатур Президенту Республики Польша.
- Отбор кандидатов на должности Генерального секретаря Академии и Ректора Главной школы Николая Коперника.
- Утверждение годовой отчетности вместе с исследовательским отчетом и отчетами о деятельности Академии, представленными Генеральным секретарем.
- Принятие Этических принципов Академии.


Президиум Академии Коперника
В его состав входят Генеральный секретарь Академии (который является председателем Президиума) и председатели всех Палат Академии. Президиум может пользоваться консультативной поддержкой ректора Главной школы Николая Коперника, директора Исследовательского центра Николая Коперника и лиц, приглашенных Генеральным секретарем АК.
Президиум выполняет задачи, изложенные в положениях Закона, и является органом, поддерживающим Генерального секретаря в его деятельности.
Офис Академии Коперника
Офис осуществляет административную и организационную деятельность Академии. Он управляется Директором, который назначается Генеральным секретарем на конкурсной основе.
Палаты Коперниканской академии
Названия и сфера деятельности Палат соответствуют сферам интересов и достижений Николая Коперника — самого выдающегося польского ученого и покровителя Коперниканской академии.
- Палата астрономии и математических и естественных наук,
- Палата медицинских наук,
- Палата экономических наук и менеджмента,
- Палата философии и теологии,
- Палата юридических наук,
- Палата лауреатов премии Коперника — планируется.


Генеральный секретарь
