Важную роль в деятельности Коперниканской академии играют тематические палаты, названия и содержательная сфера деятельности которые соответствуют профилю исследований, проводимых в прошлом Николаем Коперником — покровителем АК:
Палата астрономии и математических и естественных наук
Палата медицинских наук
Палата экономических наук и менеджмента
Палата философии и теологии
Палата юридических наук
Палата лауреатов премии Коперника