Важную роль в деятельности Коперниканской академии играют тематические палаты, названия и содержательная сфера деятельности которые соответствуют профилю исследований, проводимых в прошлом Николаем Коперником — покровителем АК:
Палата астрономии и математических и естественных наук
Палата медицинских наук
Палата экономических наук и менеджмента
Палата философии и теологии
Палата юридических наук
Палата лауреатов премии Коперника
- Wacław Gudowski (Poland)
- Leszek Roszkowski (Poland)
- Marek Sarna (Poland)
- Marian Szymczak (Poland)
- Andrzej Udalski (Poland) - Head
- George Efstathiou (Great Britain)
- Masashi Hazumi (Japan)
- Didier Queloz (Switzerland)
- Gianfranco De Zotti (Italy)
- Adam Dziki (Poland)
- Grzegorz Gielerak (Poland)
- Ewa Marcinowska-Suchowierska (Poland)
- Leszek Markuszewski (Poland)
- Andrzej Rynkiewicz (Poland) - Head
- Mariano Bizzarri (Italy)
- Hans Joachim Meyer (Germany)
- Adam T. Stys (USA)
- Huey-Jen Su (Taiwan)
- Mansur Rahnama-Hezavah (Iran)
- Mariusz Andrzejewski (Poland)
- Sławomir Gawroński (Poland)
- Marta Kightley, (Poland)
- Zbigniew Krysiak (Poland)
- Leon Podkaminer (Poland)
- Adam Glapiński (Poland) - Head
- Dariusz Tworzydło (Poland)
- Pablo De Cos (Spain)
- Robert Holzmann (Austria)
- Harold James (USA)
- Thomas J. Jordan (Switzerland)
- Tory K. Baucum (USA)
- Nigel Biggar (Great Britain)
- Bernardo Estrada (Columbia)
- Gerhard Müller (Germany) - Head
- Paweł Bortkiewicz (Poland)
- Wawrzyniec Marek Rymkiewicz (Poland)
- Marcin Tkaczyk (Poland)
- Ireneusz Werbiński (Poland)
- Piotr Wilczek (Polnad)
- Elżbieta Karska (Poland)
- Anna Łabno (Poland) - Head
- Conor Casey (Great Britain)
- Fabrizio Giulimondi (Italy)
- Marius Ostrowski (Great Britain)
- Adrian Vermeule (USA)
- Manuele Vescovi (Italy)
- Barry Barish (USA)
- James E. B. Peebles(USA)
