Основной задачей Школы является подготовка новых исследователей и проведение научных исследований и разработок. Расположенная в Варшаве Школа будет объединять деятельность:
- Коллегии астрономии и естественных наук в Торуни,
- Коллегии медицинских наук в Ольштыне,
- Коллегии экономических наук и менеджмента в Варшаве,
- Коллегии философии и теологии в Кракове,
- Коллегии юридических наук в Люблине.
Формально являясь отдельной структурой, Школа будет интегрирована в Академию Коперника через Генеральную Ассамблею Академии, выполняющую уставные функции Совета Университета. Кроме того, Академия Коперника будет влиять на формирование кадрового состава органов Школы (включая ректоров).
Придерживаясь принципа независимости и автономии работы государственных ВУЗов, Школа и коллегии будут осуществлять свою деятельность в соответствии с требованиями, предусмотренными уставом Школы.