As câmaras temáticas desempenham um papel importante nas atividades da Academia Copernicana. Os seus nomes e o âmbito de atividades correspondem ao perfil da pesquisa realizada no passado por Nicolau Copérnico, patrono da Academia Copernicana:
Câmara de Astronomia, Ciências Naturais e Matemática
Câmara de Ciências Médicas
Câmara de Ciências Económicas e de Gestão
Câmara de Filosofia e Teologia
Câmara de Ciências Jurídicas
Câmara dos Laureados do Prémio Copernicano
