Eine wichtige Rolle in den Aktivitäten der Kopernikanischen Akademie spielen die thematischen Kammern, deren Namen und inhaltlicher Tätigkeitsbereich dem Profil der Forschung entsprechen, die in der Vergangenheit von Nikolaus Kopernikus — dem Namenspatron der Kopernikanischen Akademie — betrieben wurde:
Kammer für Astronomie, Mathematik und Naturwissenschaften
Kammer für medizinische Wissenschaften
Kammer für Wirtschaftswissenschaften und Management
Kammer für Philosophie und Theologie
Kammer für Rechtswissenschaften
Kammer der Preisträger der Kopernikus-Preise
