يُحدّد القانون المتعلق بإحداث أكاديمية كوبرنيكوس الأُطر التنظيمية للأكاديمية والتي سيصار إلى صياغة تفاصيلها في النظام الأساسي للأكاديمية الذي بدوره سيتمُّ إقراره من قبل الجمعية العامة لأكاديمية كوبرنيكوس، عِلماً أن النظام الأساسي الأول سيُقرّ من قبل رئيس مجلس الوزراء.
يتركّز نشاط الأكاديمية على حقول أبحاث مُختارة تدخل في نطاق مواضيع أنشطة الغُرف التالية:

• غرفة الفلك والعلوم الرياضياتية-الطبيعية.
• غرفة العلوم الطبية.
• غرفة علوم الاقتصاد والإدارة.
• غرفة الفلسفة واللاهوت.
• غرفة العلوم الحقوقية.

وهي مجالات بحثية عمل فيها كوبرنيكوس. وبالإضافة لذلك هناك غرفة سادسة وهي غرفة الحائزين على جائزة كوبرنيكوس.
تتألف الأكاديمية من 100 شخصاً كحدٍّ أقصى يُعيّنهم رئيس جمهورية بولندا بناء على اقتراح من كل غرفة من غرف الأكاديمية. ويجب على المرشح لعضوية الأكاديمية أن يحوز على تزكية خطيّة من عضوين في الأكاديمية على الأقل، وكذلك على دعم في إطار الغرفة بأكملها.
يُعيّن رئيسُ جمهورية بولندا، بناء على اقتراح من وزير التربية والعلوم، الأعضاء الأُول في الأكاديمية